城市园林绿化苗木品种退化的原因主要集中于生产繁殖阶段与流通应用阶段。针对目前园林绿化苗木品种退化的问题，经过多年的经验总结并结合相关的理论分析，认为主要原因包括如下方面。
繁殖方式单一，缺乏良种选择当前园林绿化苗木的繁殖，特别是小乔木及亚灌木的繁殖生产主要是以无性繁殖为主，有性繁殖为辅。采用无性繁殖的目的就是为了快速增加繁殖系数，以及保持品种的某一重要特性。但过度使用这种繁殖方式会导致植物机体内相关异质物的快速减少，从而降低该品种的生活力，品种发生退化。如不断从生长势较旺盛的枝条上剪接穗、插条进行扩繁，而不更新复壮母本，或者选用的枝条生理年龄老化，已出现退化现象，采用该类枝条直接影响苗木的品质，引起苗木良种退化。近年来，在道路和公园绿地中大量使用的红叶石楠和金森女贞，由于其母本采穗部位不一致和穗条生理年龄不统一，导致出现色叶生长时间不一致、色彩不一、色叶期较短等现象，从而影响了园林绿地的整体彩化效果。
品种病毒侵染，抗病性下降：长期采用无性繁殖的苗木品种，不断剪穗致使植株体内病毒持续积累，而一般由于管理措施不到位，其扦插用的母本植株后期不能得到有效的复壮提纯，随着气温的升高，植物营养代谢活动的加强，体内病毒扩散的速度也会加快，从而加剧品种退化。同时，一个新品种的大量扩繁和推广使用，也会加剧某些病害的发生，致品种的抗病性下降，从而丧失优良种性。如当前我国南方地区大量使用的红花檵木、金边黄杨和金叶女贞等灌木，其品种退化的主要原因就是由于多代扦插繁殖，所采用的扦插母本随意性大，未建立专门的母本群体；同时，在采穗过程中，不注意重要环节的消毒和杀菌，致使病毒滋生，幼苗生长势减弱，园林绿地内栽植后，其生物学特性很难表现出来，从而导致品种退化。
栽培技术和环境条件不适合品种的生长：优良的品种都是直接或者间接来源于野生种，当环境条件和栽培方法不合适，其优良种性就可能不能表现出来，长期的栽培条件下优良品种发生退化，主要表现在以下３个方面。第一，土壤改良不到位，所用的土壤理化性质不达标、土质低劣、养分肥力差，影响苗木的正常生长，进而影响植株优良性状的体现，如茶花、栀子花等喜酸性花灌木，如土壤改良不彻底、不到位，不能达到其对于酸性土的要求，会导致植株的生长势减弱，开花量减少，花期缩短，品种严重退化。第二，夏季日照强烈、水泥路面热效应严重，所用的苗木如果抗逆性差，也会导致生长不良，如茶梅、杜鹃等喜阴性植物，直接种植于城市道路分车带而在夏季又未搭建遮荫网，植株叶片黄化枯死现象多有发生，同时整株的抗病性下降，生长势减弱，至开花期，开花量和开花期大大降低。第三，湿度要求高的品种，如不栽植于合适的环境中，将导致生长势减弱，无法将优良的种性表达出来，如最新应用的品种弗森虎耳，由于城市道路分车带中的水分不足、空气湿度低，不利于植株生长，从而造成了该品种发生秋冬季时色叶期短、春季植株生长不良、花序量少、花期短的现象，最终导致观赏特性退化的问题。
修剪技术不到位，随意性大：绿化苗木的修剪应因不同的品种而异，适当的修剪可以促进植物的生长；反之，则会破坏植物的生长与发育，降低抗病性，从而引发品种退化。部分园林绿地的修剪养护管理就存在上述问题，如江浙地区，园林中大量栽植的紫薇，植株开花结果后宜采用极重短截，在枝条基部仅保留２～３个芽，其余需全部剪除，这样有利于翌年的开花；而现在城市的公园和道路绿地内，紫薇的蒴果未能及时修剪，从而导致植株的观赏效果降低。此外，对于其它一些花灌木品种的修剪，未将开花枝与生长枝区分开，采取同样的重修剪方式，直接影响了其正常生长与开花，导致植株体提前老化，发生衰退现象。
